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10.6 years ago
ronaldnieuwenhuis
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Hello,
I am trying to make a blast database of several fasta files.
When I use makeblastdb (on linux) however, I am getting an exception which is not very helpful.
My command:
$ makeblastdb \
-in stu_ref_SolTub_3_chrPltd.fa \
stu_ref_SolTub_3_chrUn.fa \
NC_000964.faa rn_alt_Rn_Celera_chr1.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr2.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr3.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr4.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr5.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr6.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr7.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr8.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr9.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr10.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr11.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr12.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr13.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr14.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr15.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr16.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr17.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr18.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr19.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chr20.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chrUn.fa \
rn_alt_Rn_Celera_chrX.fa \
rn_ref_Rnor_6_chrMT.fa \
rn_ref_Rnor_6_chrY.fa \
zm_ref_B73_RefGen_v3_chr1.fa \
zm_ref_B73_RefGen_v3_chr2.fa \
zm_ref_B73_RefGen_v3_chr3.fa \
zm_ref_B73_RefGen_v3_chr4.fa \
zm_ref_B73_RefGen_v3_chr5.fa \
zm_ref_B73_RefGen_v3_chr6.fa \
zm_ref_B73_RefGen_v3_chr7.fa \
zm_ref_B73_RefGen_v3_chr8.fa \
zm_ref_B73_RefGen_v3_chr9.fa \
zm_ref_B73_RefGen_v3_chr10.fa \
zm_ref_B73_RefGen_v3_chrMT.fa \
zm_ref_B73_RefGen_v3_chrPltd.fa \
zm_ref_B73_RefGen_v3_chrUn.fa \
-dbtype nucl \
-out filterDatabase
The exception:
Error: (CArgException::eSynopsis) Too many positional arguments (1), the offending value: stu_ref_SolTub_3_chrUn.fa
Error: (CArgException::eSynopsis) Application's initialization failed
Do I feed too many arguments? If this is the case what is the limit?
Yours sincerely,
R