editting bam file in shell

Question

[ashkan]

I have a bam file like this:

@HD VN:1.0  SO:coordinate
@SQ SN:1    LN:195471971
@SQ SN:10   LN:130694993
@SQ SN:11   LN:122082543
@SQ SN:12   LN:120129022
@SQ SN:13   LN:120421639
@SQ SN:14   LN:124902244
@SQ SN:15   LN:104043685
@SQ SN:16   LN:98207768
@SQ SN:17   LN:94987271
@SQ SN:18   LN:90702639
@SQ SN:19   LN:61431566
@SQ SN:2    LN:182113224
@SQ SN:3    LN:160039680
@SQ SN:4    LN:156508116
@SQ SN:5    LN:151834684
@SQ SN:6    LN:149736546
@SQ SN:7    LN:145441459
@SQ SN:8    LN:129401213
@SQ SN:9    LN:124595110
@SQ SN:GL456210.1   LN:169725
@SQ SN:GL456211.1   LN:241735
@SQ SN:GL456212.1   LN:153618
@SQ SN:GL456213.1   LN:39340
@SQ SN:GL456216.1   LN:66673
@SQ SN:GL456219.1   LN:175968
@SQ SN:GL456221.1   LN:206961
@SQ SN:GL456233.1   LN:336933
@SQ SN:GL456239.1   LN:40056
@SQ SN:GL456350.1   LN:227966
@SQ SN:GL456354.1   LN:195993
@SQ SN:GL456359.1   LN:22974
@SQ SN:GL456360.1   LN:31704
@SQ SN:GL456366.1   LN:47073
@SQ SN:GL456367.1   LN:42057
@SQ SN:GL456368.1   LN:20208
@SQ SN:GL456370.1   LN:26764
@SQ SN:GL456372.1   LN:28664
@SQ SN:GL456378.1   LN:31602
@SQ SN:GL456379.1   LN:72385
@SQ SN:GL456381.1   LN:25871
@SQ SN:GL456382.1   LN:23158
@SQ SN:GL456383.1   LN:38659
@SQ SN:GL456385.1   LN:35240
@SQ SN:GL456387.1   LN:24685
@SQ SN:GL456389.1   LN:28772
@SQ SN:GL456390.1   LN:24668
@SQ SN:GL456392.1   LN:23629
@SQ SN:GL456393.1   LN:55711
@SQ SN:GL456394.1   LN:24323
@SQ SN:GL456396.1   LN:21240
@SQ SN:JH584292.1   LN:14945
@SQ SN:JH584293.1   LN:207968
@SQ SN:JH584294.1   LN:191905
@SQ SN:JH584295.1   LN:1976
@SQ SN:JH584296.1   LN:199368
@SQ SN:JH584297.1   LN:205776
@SQ SN:JH584298.1   LN:184189
@SQ SN:JH584299.1   LN:953012
@SQ SN:JH584300.1   LN:182347
@SQ SN:JH584301.1   LN:259875
@SQ SN:JH584302.1   LN:155838
@SQ SN:JH584303.1   LN:158099
@SQ SN:JH584304.1   LN:114452
@SQ SN:MG153_PATCH  LN:61431565
@SQ SN:MG3835_PATCH LN:90835696
@SQ SN:MG4136_PATCH LN:156508116
@SQ SN:MG4151_PATCH LN:145439975
@SQ SN:MG4209_PATCH LN:91793962
@SQ SN:MG4211_PATCH LN:91797447
@SQ SN:MG4212_PATCH LN:151862668
@SQ SN:MG4213_PATCH LN:91736668
@SQ SN:MG4214_PATCH LN:171031749
@SQ SN:MT   LN:16299
@SQ SN:X    LN:171031299
@SQ SN:Y    LN:91744698

I want to filter out some parts like this: @SQ SN:GL456210.1 LN:169725

and at the end I would have this:

   @HD  VN:1.0  SO:coordinate
    @SQ SN:1    LN:195471971
    @SQ SN:10   LN:130694993
    @SQ SN:11   LN:122082543
    @SQ SN:12   LN:120129022
    @SQ SN:13   LN:120421639
    @SQ SN:14   LN:124902244
    @SQ SN:15   LN:104043685
    @SQ SN:16   LN:98207768
    @SQ SN:17   LN:94987271
    @SQ SN:18   LN:90702639
    @SQ SN:19   LN:61431566
    @SQ SN:2    LN:182113224
    @SQ SN:3    LN:160039680
    @SQ SN:4    LN:156508116
    @SQ SN:5    LN:151834684
    @SQ SN:6    LN:149736546
    @SQ SN:7    LN:145441459
    @SQ SN:8    LN:129401213
    @SQ SN:9    LN:124595110
    @SQ SN:MT   LN:16299
    @SQ SN:X    LN:171031299
    @SQ SN:Y    LN:91744698

do you guys know how to do that in shell?

[GenoMax]

Check this thread: How Can I Edit Some Rows In .Bam Header File?

[Devon Ryan]

We should probably give a warning that just reheadering this with samtools will lose correct alignments to MT, X, and Y (at least for most versions of samtools).