Runs of homozygosity calculation

Question

[BAGeno]

Hi,

I am using plink to calculate runs of homozygosity.I prepared plink format file with vcftools I ran following command

plink --file Plink.input --homozyg --out Plink.result

I got empty Plink.result.hom, there are headings in this file but no results.

I repeated above mentioned procedure with 1000 genomes file and I got results. So I concluded there is problem with my file.

I have searched bcftools roh command but problem is that it needs genetic map file as input. My files are of hg38 build and I have not found genetic map of hg38 build.

Can anyone please tell me how should I calculate roh from my file.

Here are some lines from my file.

  1 11796321    rs1801133   G   A   2199.01 .   BaseCounts=22,0,19,0;BaseQRankSum=-0.851;DB;Dels=0;FS=1.257;GC=59.35;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=13.85;ReadPosRankSum=1.732;DP=4533;AF=0.5;MLEAC=1;MLEAF=0.5;AN=58;AC=32   GT:AD:DP:GQ:PL:FL   0/1:20,14:34:99:295,0,588:7 ./.:.:.:.:.:.   1/1:0,46:46:99:1354,108,0:9 0/1:45,34:76:99:860,0,1218:7    ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   1/1:0,61:60:99:1864,156,0:6 0/1:24,16:38:99:444,0,647:9 0/1:14,10:24:99:220,0,360:0 0/1:24,15:38:99:423,0,702:9 ./.:.:.:.:.:.   0/1:26,22:46:99:559,0,698:9 0/1:20,16:36:99:377,0,589:7 ./.:.:.:.:.:.   0/1:20,32:50:99:776,0,630:9 ./.:.:.:.:.:.   0/1:26,13:38:99:301,0,857:9 ./.:.:.:.:.:.   0/1:15,13:28:99:345,0,357:2 0/1:17,14:30:99:326,0,444:4 1/1:0,35:35:93:1136,93,0:8  ./.:.:.:.:.:.   0/1:12,13:26:99:340,0,392:1 ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   0/1:31,21:50:99:496,0,854:9 0/1:18,18:36:99:492,0,479:0 ./.:.:.:.:.:.   0/1:22,22:44:99:453,0,554:4 0/1:18,24:40:99:603,0,427:7 ./.:.:.:.:.:.   0/1:17,28:43:99:648,0,523:4 0/1:15,24:38:99:605,0,376:5 0/1:27,31:57:99:842,0,807:9 0/1:18,16:33:99:387,0,565:3 0/1:18,18:36:99:410,0,480:1 0/1:23,29:52:99:662,0,694:9 ./.:.:.:.:.:.   0/1:22,19:39:99:539,0,564:2 ./.:.:.:.:.:.   0/1:23,33:54:99:812,0,658:9 0/1:19,23:41:99:639,0,568:5 0/1:28,20:46:99:571,0,753:9 ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.
1   11846011    rs5065  A   G   1949.01 .   BaseCounts=19,0,33,0;BaseQRankSum=-0.227;DB;Dels=0;FS=13.341;GC=49.38;HaplotypeScore=0;MQ=60;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=19.33;ReadPosRankSum=-1.547;DP=2886;AF=0.5;MLEAC=1;MLEAF=0.5;AN=0;AC=0   GT:AD:DP:GQ:PL:FL   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.
1   16379580    rs6603859   G   T   2787.01 .   BaseCounts=0,0,19,15;BaseQRankSum=-0.173;DB;Dels=0;FS=0;GC=41.15;HaplotypeScore=0;MQ=60;MQ0=0;MQRankSum=0.277;QD=14.62;ReadPosRankSum=-1.387;DP=8264;AF=0.5;MLEAC=1;MLEAF=0.5;AN=80;AC=58   GT:AD:DP:GQ:PL:FL   0/1:15,20:34:99:573,0,500:7 0/1:14,16:29:99:508,0,474:1 1/1:0,36:36:99:1390,105,0:4 1/1:0,76:76:99:2787,214,0:5 1/1:0,30:30:84:1102,84,0:5  ./.:.:.:.:.:.   0/1:35,29:61:99:998,0,961:7 0/1:13,17:29:99:537,0,396:1 1/1:0,29:29:84:1072,84,0:3  1/1:0,44:44:99:1683,129,0:9 1/1:0,23:23:66:862,66,0:0   0/1:23,26:47:99:827,0,769:9 0/1:21,22:42:99:675,0,710:9 0/1:18,19:36:99:618,0,567:9 ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   0/1:16,8:24:99:202,0,558:0  1/1:0,32:32:96:1289,96,0:2  0/1:18,18:36:99:613,0,551:8 0/1:18,21:38:99:678,0,596:9 1/1:0,37:37:99:1451,111,0:9 0/1:14,21:34:99:595,0,433:9 1/1:0,36:36:99:1371,102,0:9 1/1:0,30:30:81:1078,81,0:3  0/1:13,15:27:99:476,0,433:0 1/1:1,46:46:99:1766,138,0:9 1/1:0,51:51:99:2005,153,0:9 ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   0/1:27,20:45:99:665,0,807:7 0/1:18,18:36:99:601,0,582:2 1/1:0,36:36:99:1415,108,0:0 1/1:0,40:40:99:1502,114,0:1 ./.:.:.:.:.:.   0/1:28,23:49:99:776,0,841:4 0/1:27,19:44:99:620,0,827:0 1/1:0,48:48:99:1830,141,0:9 0/1:16,19:34:99:556,0,541:1 1/1:0,44:44:99:1717,129,0:8 1/1:1,44:44:99:1728,132,0:5 0/1:35,29:61:99:917,0,1027:9    0/1:19,28:45:99:808,0,591:3 0/1:15,22:36:99:722,0,498:1 0/1:27,19:44:99:608,0,768:7 1/1:0,49:49:99:1895,144,0:6 0/1:20,11:30:99:348,0,663:9
1   97082391    rs67376798  T   A   854.01  .   BaseCounts=27,1,0,16;BaseQRankSum=-0.138;DB;Dels=0;FS=4.669;GC=35.66;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=19.41;ReadPosRankSum=-0.415;DP=44;AF=0.5;MLEAC=1;MLEAF=0.5;AN=0;AC=0 GT:AD:DP:GQ:PL:FL   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.:.

Answer 1

[Wietje]

PLINK assumes that you have a ped and map file when you use --file (same prefix, different file ending); did you try to specify for VCF format with --vcf? PLINK would otherwise also allow you to convert your VCF to ped and map with a --recode option. Does this help you along?

[BAGeno]

I have used this command

vcftools --vcf Input.vcf --plink --out Plink.input

It gave me both ped and map file.