Entering edit mode
6.2 years ago
grant.hovhannisyan
★
2.6k
Hi All,
I am ploting the data of the table below:
method_yeast_cont n_reads.mean n_reads.sd uniq_maps.mean uniq_maps.sd uniq_maps_pr.mean uniq_maps_pr.sd n_reads_multimaps.mean n_reads_multimaps.sd n_reads_mult_pr.mean n_reads_mult_pr.sd n_reads_unmap_pr.mean n_reads_unmap_pr.sd calb_uniq_genic.mean calb_uniq_genic.sd human_uniq_genic.mean human_uniq_genic.sd calb_uniq_genic_pr.mean calb_uniq_genic_pr.sd human_uniq_genic_pr.mean human_uniq_genic_pr.sd calb_mapped.mean calb_mapped.sd human_mapped.mean human_mapped.sd calb_mapped_pr.mean calb_mapped_pr.sd human_mapped_pr.mean human_mapped_pr.sd yeast_count probes method
B_high 26341985.3333333 3475105.53992268 24508638 3199367.16956166 93.0466666667 0.1418919777 879108 125204.982293038 3.3333333333 0.0763762616 3.52 0.0953939201 16698971.3333333 2235797.80039706 6558838.33333333 1741953.44239229 71.8833333333 6.023340712 28.1166666667 6.023340712 35065755.6666667 4664342.44783521 14210982.3333333 3727378.58714839 71.2666666667 5.8559058508 28.7333333333 5.8559058508 Yeast_cells_10e5 No_probes B
B_low 37380099.6666667 15378674.8120259 33740305.3333333 14518818.6334255 89.8466666667 1.9050021872 1338156.33333333 552088.251294422 3.57 0.1539480432 6.37 1.8256779563 897864.666666667 596329.501304718 30292432.3333333 13244077.2183101 2.6466666667 0.9335059364 97.3533333333 0.9335059364 1895832 1267041.17576186 66659057 28187587.9467176 2.5366666667 0.9200181158 97.4633333333 0.9200181158 Yeast_cells_10e3 No_probes B
B_probes_high 22835465.6666667 19063360.9909413 21651360 18058227.8410397 94.9 0.2253885534 656112.666666667 556366.1002131 2.8366666667 0.0757187779 2.05 0.1352774926 21072521.6666667 17582520.1738307 132678.666666667 114970.502374885 99.4 0.07 0.6 0.07 43186587.6666667 36022406.5327966 292594 255632.518455693 99.36 0.0781024968 0.64 0.0781024968 Yeast_cells_10e5 With_probes B
B_probes_low 272508.666666667 223662.947468581 251544.666666667 206341.883800486 92.3233333333 1.3355273615 9853.6666666667 8254.8912974874 3.5866666667 0.2706165799 4.0433333333 1.0500634901 187037.333333333 161930.075329858 56122.3333333333 39360.6671733767 75.07 8.0169882125 24.93 8.0169882125 383258 331706.685256719 126556 90020.3188619103 73.3666666667 8.6185923058 26.6333333333 8.6185923058 Yeast_cells_10e3 With_probes B
BT_high 28589201.6666667 2283634.24181924 25503621.6666667 2372981.34012413 89.21 4.0823522631 995669.333333333 87340.9107596969 3.4833333333 0.2013289183 7.2166666667 4.2596869995 14585398 1570767.30154788 9591113.33333333 1868351.79429259 60.44 5.415487051 39.56 5.415487051 30670358.6666667 3108882.03357 20636613 3967057.00806895 59.9 5.5614027008 40.1 5.5614027008 Yeast_cells_10e5 No_probes BT
BT_low 26687944.3333333 711914.990235023 22349802.3333333 1049397.95223801 83.8233333333 5.3924236975 880367 23453.8112681074 3.3 0.12489996 12.74 5.4193265264 2303765.66666667 1112091.36374775 18930130.3333333 206939.821374073 10.7 4.6779162028 89.3 4.6779162028 4865526 2370856.66483067 40309494.6666667 518543.627620023 10.63 4.730190271 89.37 4.730190271 Yeast_cells_10e3 No_probes BT
BT_probes_high 9037105.33333333 1263298.71383309 8545261.66666667 1241388.08450111 94.5066666667 0.5852634734 277220 42112.3897089681 3.0633333333 0.0404145188 2.3466666667 0.6285167725 8306823.33333333 1224106.0894981 61651.6666666667 14003.5392074052 99.26 0.1417744688 0.74 0.1417744688 17010048 2475404.34286037 134458.666666667 29720.4710819552 99.2066666667 0.1594783162 0.7933333333 0.1594783162 Yeast_cells_10e5 With_probes BT
BT_probes_low 1283419.33333333 852838.556911174 1208315.66666667 817367.422481673 93.5566666667 1.5392963761 37688 22533.7481791201 3.0333333333 0.2302896727 3.38 1.3018448448 1107799.66666667 780969.798772227 73475.6666666667 18541.9521446188 92.4533333333 3.08138497 7.5466666667 3.08138497 2267740.33333333 1598651.97409453 158999.333333333 38226.3873434743 92.02 3.3482383428 7.98 3.3482383428 Yeast_cells_10e3 With_probes BT
N_high 45394850.6666667 4302853.80510764 41756755 3712627.57294359 92.0233333333 0.833446659 1553274.66666667 167282.705024558 3.42 0.08 4.4966666667 0.763042157 28565666 4467051.95734637 11165194 1000997.87753821 71.6066666667 5.1161052895 28.3933333333 5.1161052895 59620644.6666667 9357026.4782253 24268208.3333333 2115591.94347406 70.78 5.1574509208 29.22 5.1574509208 Yeast_cells_10e5 No_probes N
N_low 50897109 27145209.3046033 45903568.6666667 24305873.4571379 90.3166666667 0.5918051481 1711402 997816.321238032 3.3066666667 0.1582192572 6.22 0.531130869 2149133.33333333 1194673.19854106 40176542.6666667 21571892.7523443 5.0533333333 0.2214347157 94.9466666667 0.2214347157 4468939.33333333 2462207.88180392 88283124.3333333 46812269.2956677 4.79 0.12489996 95.21 0.12489996 Yeast_cells_10e3 No_probes N
N_probes_high 52151795.3333333 17821525.3998365 49478020.3333333 16944505.0930496 94.8633333333 0.2668957349 1431383.66666667 460221.541108555 2.76 0.0754983444 2.2466666667 0.2419366308 48033411.3333333 16480091.6076972 426476.666666667 124704.889175739 99.1033333333 0.086216781 0.8966666667 0.086216781 98291834.3333333 33702623.8020829 955178.666666667 285482.724103112 99.0233333333 0.0763762616 0.9766666667 0.0763762616 Yeast_cells_10e5 With_probes N
N_probes_low 825738.666666667 569155.018799214 778522.333333333 537528.039274542 94.0433333333 0.6296295207 24706 17027.1162855018 3.0033333333 0.0404145188 2.9333333333 0.5980245257 651787.333333333 447581.778119187 105189.333333333 75067.0266983669 86.31 0.6757958272 13.69 0.6757958272 1333443.33333333 916506.721464351 232336.666666667 165105.510039288 85.3633333333 0.6184927917 14.6366666667 0.6184927917 Yeast_cells_10e3 With_probes N
T_high 48689209.6666667 2848113.91636805 44582654.6666667 2459514.32442512 91.58 1.2315843455 1667428.66666667 94978.9842772249 3.4266666667 0.0513160144 4.9433333333 1.1991802756 26208616.6666667 1706128.05843123 16442090 2541042.37807774 61.5433333333 4.6120422085 38.4566666667 4.6120422085 54808833 3472179.81522256 34684155 5314609.17021384 61.34 4.5696389354 38.66 4.5696389354 Yeast_cells_10e5 No_probes T
T_low 38211620.3333333 3165849.17317129 32698052.6666667 3022170.15101968 85.56 2.7296336751 1252415.33333333 140042.92600604 3.27 0.1228820573 11.0866666667 2.6616035267 759404.333333333 109873.656789666 30463219.3333333 2759153.89398822 2.4266666667 0.2157158625 97.5733333333 0.2157158625 1589486.33333333 229003.915635374 64381590.3333333 5897792.37930578 2.4066666667 0.207926269 97.5933333333 0.207926269 Yeast_cells_10e3 No_probes T
T_probes_high 17060485 10065981.0572141 16216312.6666667 9588092.069878 95.0166666667 0.4091861842 494533.666666667 283238.257728954 2.9133333333 0.0550757055 1.9733333333 0.3622614157 15725821 9220741.40167226 152331 149671.584788162 99.1733333333 0.3419551628 0.8266666667 0.3419551628 32202007.3333333 18912407.9486687 324222 318070.963610324 99.1433333333 0.3510460559 0.8566666667 0.3510460559 Yeast_cells_10e5 With_probes T
T_probes_low 419058.666666667 93338.5909810799 382539.666666667 85276.248916878 91.3 0.9755511263 13789.6666666667 3596.2633848668 3.27 0.2523885893 5.41 0.7617742448 278922 59532.6942696196 93764 23628.0924536874 74.9666666667 1.3444825523 25.0333333333 1.3444825523 571032.666666667 122954.866911942 200518 51626.958810296 74.15 1.5726410906 25.85 1.5726410906 Yeast_cells_10e3 With_probes T
Here is my code:
ggplot(with_mean_and_sd, aes(x=method, y=calb_mapped_pr.mean,label=paste0(round(calb_mapped_pr.mean,1),"%","\n", round(calb_mapped.mean,0)))) +
geom_bar(stat="identity", fill="dodgerblue2") + facet_grid(probes ~ yeast_count)+
geom_errorbar(aes(ymin=calb_mapped_pr.mean-calb_mapped_pr.sd,
ymax=calb_mapped_pr.mean+calb_mapped_pr.sd),
width=.2,position=position_dodge(.9))+ylab("% of fungal reads")+
xlab("Enrichment method")+geom_text(size = 4, y=25 ,position = position_stack(vjust = 0.5))+theme_bw()+
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5),
strip.text.x = element_text(size=12),
strip.text.y = element_text(size=12),
axis.text.x = element_text(size=12),
axis.text.y = element_text(size=12),
axis.title.x = element_text(size=12),
axis.title.y = element_text(size=12))
The plot is here:
For each pair of barplots within each comparison group, I have calcualted p-values with pairwise.t.test.
My question is: How can I display the pairwise p-values on the barplots, to get something similar to here
Thanks
I just corrected your image embed for you. See: How to add images to a Biostars post
Thanks Ram! For some reason the method you mention does not work for me.
Right click -> Select image URL -> add to post doesn't work? That's an interesting bug. Can you give us your location (country), OS and browser please?
Nope. Barcelona (Spain), Ubuntu 16.04 and both Chrome and Firefox
Just to double check, you're using the image button on the toolbar to add the image? Can you reply to this comment with the URL you're using please?
Yes, I use the image button.
. Sorry, you mean the URL of the image?
For example I use this URL https://ibb.co/gg0VHK
That's not the URL to be used. You're using the URL of the page that hosts the image, not the URL to the image itself. The URL to the image usually ends in a file extension that is the same as the image file extension. For example, while your page URL is
https://ibb.co/gg0VHK, the image URL ishttps://image.ibb.co/cLOT4z/fungal_RNA_comparisons.png- as you can see, it ends in.pngand is obtained by right clicking on the image and selecting the "Copy Image Address" option.Ah, so embarrassing, now it works :) Thanks for help Ram! Much appreciated!
Say hello to Messi.
:) And you to Conor (if in Dublin) :)
McGregor? ... ugghhh, won't be going near him!