Hi fellows I used progragm Haploview for haplotyping and ld block anlysis. I input below hapmat file it is happend error screen "Hapmap data a format error: RWG-431" .i dont understand why this format is wrong. plz explain detaily and if u have solution, tell me thank u this is HP file ------------------ rs alleles chrom pos strand assembly center protLSID assayLSID panel QCcode RWG-002 RWG-003 RWG-004 RWG-008 RWG-010 RWG-013 RWG-014 RWG-016 RWG-018 RWG-019 RWG-020 RWG-021 RWG-02 2 RWG-024 RWG-027 RWG-028 RWG-029 RWG-030 RWG-031 RWG-032 RWG-033 RWG-034 RWG-035 RWG-037 RWG-038 RWG-04 0 RWG-042 RWG-043 RWG-044 RWG-045 RWG-046 RWG-047 RWG-050 RWG-052 RWG-053 RWG-054 RWG-056 RWG-058 RWG-05 9 RWG-060 RWG-062 RWG-063 RWG-065 RWG-066 RWG-068 RWG-069 RWG-071 RWG-072 RWG-075 RWG-076 RWG-079 RWG-08 0 RWG-081 RWG-083 RWG-084 RWG-085 RWG-086 RWG-087 RWG-088 RWG-090 RWG-092 RWG-093 RWG-094 RWG-095 RWG-09 6 RWG-098 RWG-099 RWG-100 RWG-101 RWG-102 RWG-104 RWG-106 RWG-107 RWG-109 RWG-110 RWG-111 RWG-112 RWG-11 3 RWG-115 RWG-116 RWG-119 RWG-120 RWG-122 RWG-123 RWG-124 RWG-126 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TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT GG TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT GG TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT GG TT TT GG TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT GG TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT GG TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT GG TT TT TT TT GG TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT 6_1766460 T/C 6 1766460 NA NA NA NA NA NA NA TT TT TT CC TT CC TT TT TT TT TT CC CC TT TT TT -TT CC CC TT TT CC TT CC CC TT TT CC CC TT TT CC TT TT CC CC CC CC TT CC TT TT TT TT CC TT CC CC TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT CC TT TT CC CC TT CC CC CC CC CC CC TC TT TT CC TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT CC TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT CC TT TT CC TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT CC TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT CC TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT 6_1768006 A/C 6 1768006 NA NA NA NA NA NA NA AA AA AA AA AA AA CC AA AA CC AA AA AA AA AA AA CC AA AA CC CC AA AA AA AA AA CC AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA CC AA AA CC CC AA -AA AA AA AA AA CC AA AA CC CC CC AA AA AA AA CC AA AA AA AA AA CC AA AA AA AA AA CC CC AA CC CC AA AA CC AA AA AA AA AA AA AA CC AA AA CC AA AA AA AA AA CC AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA CC AA CC AA AA AA AA CC AA AA AA AA CC CC AA AA AA AA AA AA AA AA AA CC AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA CC AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA CC AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA CC CC AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA CC CC AA AA CC AA AA CC AA AA AA AA AA CC AA AA AA AA CC CC AA CC AA AA AA CC AA CC CC AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA CC AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA 6_1768017 C/T 6 1768017 NA NA NA NA NA NA NA CC CC CC CC CC TT CC CC CC CC CC CC TT CC CC CC CC CC CC CC CC TT CC CC CC CC CC CC TT CC CC TT CC CC TT TT TT TT CC TT CC CC CC CC TT CC TT TT CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC -CC TT CC CC CC CC CC TT TT CC TT TT TT TT CC CC TT CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC TT 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CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC TT CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC TT CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC
I have exactly the same problem, did you figure out how to solve it?
i try to using HP but cannot actually my rawdata is VCF file so using vcftools so cut my interesting gene and and then i use vcf.file not hp file