Entering edit mode
3.8 years ago
sharmatina189059
▴
110
dear all I am analysing dn/ds of some protein sequences. I am running pal2nal.pl cluster_1.aln.faa nt_out.fasta -output paml -nogap > cluster_1.pal2nal
after that codeml
but after running codeml, i coud not find codeml.txt file. I have checked my files with example files of PAML but could not identify any error.
and python parse_codeml_output.py codeml.txt (This command is not running).
Can anybody tell me the problem.
INPUT file
>core_1459_786_Org786_Gene1338
MSQANATSLTLSSPTENKTSESGQLKEFRTPPHNLAIEQAVLAALMTVAESFEQVSDLLK
ENDFYATRHKYIYRAIEKLAQENSPYDAVLVNDWLLKQNLLDAIGGEEYLMQLMADSPSS
FYNLETYATKIKEFSTLRSMIKVSTEILQNAYDTKGRGVSEILDLAETSIFSLAEQHNNN
KKDSGPKAISSVTADVISKLDELSKLDGNITGLTTGFLELDNKTSGMQPGDLIIVAARPS
MGKTTFAMNLVESVLQYNKLPALVFSMEMPADSIAMRLISAMGKVHQGHLRSGNLDADEW
TKVTGTILQLQQMHLYIDDSSALPPTEVRARARRIAKMHDGKIGCIMVDYLQLMKVPGMG
DNRVGEISEISRSLKALAKEMNCPVIALSQLNRSLENRPNKRPVMSDLRESGAIEQDADL
IMFIYRDEVYNKESKEAGTAEIIIGKQRNGPIGTVRLAFEGQYTRFSNLSPEYYSQYDDE
E
>core_1459_787_Org787_Gene2688
MSQANATSLTLSSPTENKTSESGQLKEFRTPPHNLAIEQAVLAALMTVAESFEQVSDLLK
ENDFYATRHKYIYRAIEKLAQENSPYDAVLVNDWLLKQNLLDAIGGEEYLMQLMADSPSS
FYNLETYATKIKEFSTLRSMIKVSTEILQNAYDTKGRGVSEILDLAETSIFSLAEQHNNN
KKDSGPKAISSVTADVISKLDELSKLDGNITGLTTGFLELDNKTSGMQPGDLIIVAARPS
MGKTTFAMNLVESVLQYNKLPALVFSMEMPADSIAMRLISAMGKVHQGHLRSGNLDADEW
TKVTGTILQLQQMHLYIDDSSALPPTEVRARARRIAKMHDGKIGCIMVDYLQLMKVPGMG
DNRVGEISEISRSLKALAKEMNCPVIALSQLNRSLENRPNKRPVMSDLRESGAIEQDADL
IMFIYRDEVYNKESKEAGTAEIIIGKQRNGPIGTVRLAFEGQYTRFSNLSPEYYSQYDDE
E
>core_1459_788_Org788_Gene2222
MSQANATSLTLSSPTENKTSESGQLKEFRTPPHNLAIEQAVLAALMTVAESFEQVSDLLK
ENDFYATRHKYIYRAIEKLAQENSPYDAVLVNDWLLKQNLLDAIGGEEYLMQLMADSPSS
FYNLETYATKIKEFSTLRSMIKVSTEILQNAYDTKGRGVSEILDLAETSIFSLAEQHNNN
KKDSGPKAISSVTADVISKLDELSKLDGNITGLTTGFLELDNKTSGMQPGDLIIVAARPS
MGKTTFAMNLVESVLQYNKLPALVFSMEMPADSIAMRLISAMGKVHQGHLRSGNLDADEW
TKVTGTILQLQQMHLYIDDSSALPPTEVRARARRIAKMHDGKIGCIMVDYLQLMKVPGMG
DNRVGEISEISRSLKALAKEMNCPVIALSQLNRSLENRPNKRPVMSDLRESGAIEQDADL
IMFIYRDEVYNKESKEAGTAEIIIGKQRNGPIGTVRLAFEGQYTRFSNLSPEYYSQYDDE
DNA file input:
>core_1459_786_Org786_Gene1338
ATGTCACAAGCAAATGCAACTTCATTAACTTTATCATCACCAACTGAAAATAAAACTTCA
GAATCAGGTCAATTAAAAGAATTTCGTACTCCACCACATAATTTAGCAATTGAACAAGCA
GTTTTAGCAGCATTAATGACTGTTGCAGAATCATTTGAACAAGTTTCAGATTTATTAAAA
GAAAATGATTTTTATGCAACTCGTCATAAATATATTTATCGTGCAATTGAAAAATTAGCA
CAAGAAAATTCACCATATGATGCAGTTTTAGTTAATGATTGGTTATTAAAACAAAATTTA
TTAGATGCAATTGGTGGTGAAGAATATTTAATGCAATTAATGGCAGATTCACCATCATCA
TTTTATAATTTAGAAACTTATGCAACTAAAATTAAAGAATTTTCAACTTTACGTTCAATG
ATTAAAGTTTCAACTGAAATTTTACAAAATGCATATGATACTAAAGGTCGTGGTGTTTCA
GAAATTTTAGATTTAGCAGAAACTTCAATTTTTTCATTAGCAGAACAACATAATAATAAT
AAAAAAGATTCAGGTCCAAAAGCAATTTCATCAGTTACTGCAGATGTTATTTCAAAATTA
GATGAATTATCAAAATTAGATGGTAATATTACTGGTTTAACTACTGGTTTTTTAGAATTA
GATAATAAAACTTCAGGTATGCAACCAGGTGATTTAATTATTGTTGCAGCACGTCCATCA
ATGGGTAAAACTACTTTTGCAATGAATTTAGTTGAATCAGTTTTACAATATAATAAATTA
CCAGCATTAGTTTTTTCAATGGAAATGCCAGCAGATTCAATTGCAATGCGTTTAATTTCA
GCAATGGGTAAAGTTCATCAAGGTCATTTACGTTCAGGTAATTTAGATGCAGATGAATGG
ACTAAAGTTACTGGTACTATTTTACAATTACAACAAATGCATTTATATATTGATGATTCA
TCAGCATTACCACCAACTGAAGTTCGTGCACGTGCACGTCGTATTGCAAAAATGCATGAT
GGTAAAATTGGTTGTATTATGGTTGATTATTTACAATTAATGAAAGTTCCAGGTATGGGT
GATAATCGTGTTGGTGAAATTTCAGAAATTTCACGTTCATTAAAAGCATTAGCAAAAGAA
ATGAATTGTCCAGTTATTGCATTATCACAATTAAATCGTTCATTAGAAAATCGTCCAAAT
AAACGTCCAGTTATGTCAGATTTACGTGAATCAGGTGCAATTGAACAAGATGCAGATTTA
ATTATGTTTATTTATCGTGATGAAGTTTATAATAAAGAATCAAAAGAAGCAGGTACTGCA
GAAATTATTATTGGTAAACAACGTAATGGTCCAATTGGTACTGTTCGTTTAGCATTTGAA
GGTCAATATACTCGTTTTTCAAATTTATCACCAGAATATTATTCACAATATGATGATGAA
GAA
>core_1459_787_Org787_Gene2688
ATGTCACAAGCAAATGCAACTTCATTAACTTTATCATCACCAACTGAAAATAAAACTTCA
GAATCAGGTCAATTAAAAGAATTTCGTACTCCACCACATAATTTAGCAATTGAACAAGCA
GTTTTAGCAGCATTAATGACTGTTGCAGAATCATTTGAACAAGTTTCAGATTTATTAAAA
GAAAATGATTTTTATGCAACTCGTCATAAATATATTTATCGTGCAATTGAAAAATTAGCA
CAAGAAAATTCACCATATGATGCAGTTTTAGTTAATGATTGGTTATTAAAACAAAATTTA
TTAGATGCAATTGGTGGTGAAGAATATTTAATGCAATTAATGGCAGATTCACCATCATCA
TTTTATAATTTAGAAACTTATGCAACTAAAATTAAAGAATTTTCAACTTTACGTTCAATG
ATTAAAGTTTCAACTGAAATTTTACAAAATGCATATGATACTAAAGGTCGTGGTGTTTCA
GAAATTTTAGATTTAGCAGAAACTTCAATTTTTTCATTAGCAGAACAACATAATAATAAT
AAAAAAGATTCAGGTCCAAAAGCAATTTCATCAGTTACTGCAGATGTTATTTCAAAATTA
GATGAATTATCAAAATTAGATGGTAATATTACTGGTTTAACTACTGGTTTTTTAGAATTA
GATAATAAAACTTCAGGTATGCAACCAGGTGATTTAATTATTGTTGCAGCACGTCCATCA
ATGGGTAAAACTACTTTTGCAATGAATTTAGTTGAATCAGTTTTACAATATAATAAATTA
CCAGCATTAGTTTTTTCAATGGAAATGCCAGCAGATTCAATTGCAATGCGTTTAATTTCA
GCAATGGGTAAAGTTCATCAAGGTCATTTACGTTCAGGTAATTTAGATGCAGATGAATGG
ACTAAAGTTACTGGTACTATTTTACAATTACAACAAATGCATTTATATATTGATGATTCA
TCAGCATTACCACCAACTGAAGTTCGTGCACGTGCACGTCGTATTGCAAAAATGCATGAT
GGTAAAATTGGTTGTATTATGGTTGATTATTTACAATTAATGAAAGTTCCAGGTATGGGT
GATAATCGTGTTGGTGAAATTTCAGAAATTTCACGTTCATTAAAAGCATTAGCAAAAGAA
ATGAATTGTCCAGTTATTGCATTATCACAATTAAATCGTTCATTAGAAAATCGTCCAAAT
AAACGTCCAGTTATGTCAGATTTACGTGAATCAGGTGCAATTGAACAAGATGCAGATTTA
ATTATGTTTATTTATCGTGATGAAGTTTATAATAAAGAATCAAAAGAAGCAGGTACTGCA
GAAATTATTATTGGTAAACAACGTAATGGTCCAATTGGTACTGTTCGTTTAGCATTTGAA
GGTCAATATACTCGTTTTTCAAATTTATCACCAGAATATTATTCACAATATGATGATGAA
GAA
>core_1459_788_Org788_Gene2222
ATGTCACAAGCAAATGCAACTTCATTAACTTTATCATCACCAACTGAAAATAAAACTTCA
GAATCAGGTCAATTAAAAGAATTTCGTACTCCACCACATAATTTAGCAATTGAACAAGCA
GTTTTAGCAGCATTAATGACTGTTGCAGAATCATTTGAACAAGTTTCAGATTTATTAAAA
GAAAATGATTTTTATGCAACTCGTCATAAATATATTTATCGTGCAATTGAAAAATTAGCA
CAAGAAAATTCACCATATGATGCAGTTTTAGTTAATGATTGGTTATTAAAACAAAATTTA
TTAGATGCAATTGGTGGTGAAGAATATTTAATGCAATTAATGGCAGATTCACCATCATCA
TTTTATAATTTAGAAACTTATGCAACTAAAATTAAAGAATTTTCAACTTTACGTTCAATG
ATTAAAGTTTCAACTGAAATTTTACAAAATGCATATGATACTAAAGGTCGTGGTGTTTCA
GAAATTTTAGATTTAGCAGAAACTTCAATTTTTTCATTAGCAGAACAACATAATAATAAT
AAAAAAGATTCAGGTCCAAAAGCAATTTCATCAGTTACTGCAGATGTTATTTCAAAATTA
GATGAATTATCAAAATTAGATGGTAATATTACTGGTTTAACTACTGGTTTTTTAGAATTA
GATAATAAAACTTCAGGTATGCAACCAGGTGATTTAATTATTGTTGCAGCACGTCCATCA
ATGGGTAAAACTACTTTTGCAATGAATTTAGTTGAATCAGTTTTACAATATAATAAATTA
CCAGCATTAGTTTTTTCAATGGAAATGCCAGCAGATTCAATTGCAATGCGTTTAATTTCA
GCAATGGGTAAAGTTCATCAAGGTCATTTACGTTCAGGTAATTTAGATGCAGATGAATGG
ACTAAAGTTACTGGTACTATTTTACAATTACAACAAATGCATTTATATATTGATGATTCA
TCAGCATTACCACCAACTGAAGTTCGTGCACGTGCACGTCGTATTGCAAAAATGCATGAT
GGTAAAATTGGTTGTATTATGGTTGATTATTTACAATTAATGAAAGTTCCAGGTATGGGT
GATAATCGTGTTGGTGAAATTTCAGAAATTTCACGTTCATTAAAAGCATTAGCAAAAGAA
ATGAATTGTCCAGTTATTGCATTATCACAATTAAATCGTTCATTAGAAAATCGTCCAAAT
AAACGTCCAGTTATGTCAGATTTACGTGAATCAGGTGCAATTGAACAAGATGCAGATTTA
ATTATGTTTATTTATCGTGATGAAGTTTATAATAAAGAATCAAAAGAAGCAGGTACTGCA
GAAATTATTATTGGTAAACAACGTAATGGTCCAATTGGTACTGTTCGTTTAGCATTTGAA
GGTCAATATACTCGTTTTTCAAATTTATCACCAGAATATTATTCACAATATGATGATGAA
GAA
