Entering edit mode
3.4 years ago
Flexogore
▴
10
Hello, everyone. Currently I am trying to perform variant calling. Prior to that I should run picard and I'm getting using this command:
java -jar picard.jar AddOrReplaceReadGroups I=illumina.new.bam O=illumina.sorted.rgs.bam RGID=1M RGLB=lib1M RGSM=1M RGPL=illumina RGPU=unit1
The following error occurs:
Exception in thread "main" htsjdk.samtools.SAMFormatException: Error parsing SAM header. @RG line missing SM tag. Line:
@RG ID:LANE1; File /home/flexogore/ngs/illumina.sorted.bam; Line number 86
at htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec.reportErrorParsingLine(SAMTextHeaderCodec.java:258)
at htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec.access$200(SAMTextHeaderCodec.java:46)
at htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec$ParsedHeaderLine.requireTag(SAMTextHeaderCodec.java:358)
at htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec.parseRGLine(SAMTextHeaderCodec.java:168)
at htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec.decode(SAMTextHeaderCodec.java:110)
at htsjdk.samtools.BAMFileReader.readHeader(BAMFileReader.java:704)
at htsjdk.samtools.BAMFileReader.<init>(BAMFileReader.java:298)
at htsjdk.samtools.BAMFileReader.<init>(BAMFileReader.java:176)
at htsjdk.samtools.SamReaderFactory$SamReaderFactoryImpl.open(SamReaderFactory.java:406)
at picard.sam.AddOrReplaceReadGroups.doWork(AddOrReplaceReadGroups.java:152)
at picard.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain(CommandLineProgram.java:308)
at picard.cmdline.PicardCommandLine.instanceMain(PicardCommandLine.java:103)
at picard.cmdline.PicardCommandLine.main(PicardCommandLine.java:113)
Looking into the header of my BAM file I see 4 empty @RG lines
@HD VN:1.6 SO:coordinate
@SQ SN:1 LN:249250621 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:2 LN:243199373 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:3 LN:198022430 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:4 LN:191154276 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:5 LN:180915260 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:6 LN:171115067 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:7 LN:159138663 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:8 LN:146364022 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:9 LN:141213431 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:10 LN:135534747 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:11 LN:135006516 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:12 LN:133851895 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:13 LN:115169878 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:14 LN:107349540 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:15 LN:102531392 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:16 LN:90354753 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:17 LN:81195210 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:18 LN:78077248 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:19 LN:59128983 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:20 LN:63025520 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:21 LN:48129895 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:22 LN:51304566 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:X LN:155270560 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:Y LN:59373566 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:MT LN:16569 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000207.1 LN:4262 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000226.1 LN:15008 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000229.1 LN:19913 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000231.1 LN:27386 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000210.1 LN:27682 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000239.1 LN:33824 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000235.1 LN:34474 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000201.1 LN:36148 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000247.1 LN:36422 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000245.1 LN:36651 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000197.1 LN:37175 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000203.1 LN:37498 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000246.1 LN:38154 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000249.1 LN:38502 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000196.1 LN:38914 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000248.1 LN:39786 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000244.1 LN:39929 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000238.1 LN:39939 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000202.1 LN:40103 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000234.1 LN:40531 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000232.1 LN:40652 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000206.1 LN:41001 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000240.1 LN:41933 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000236.1 LN:41934 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000241.1 LN:42152 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000243.1 LN:43341 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000242.1 LN:43523 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000230.1 LN:43691 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000237.1 LN:45867 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000233.1 LN:45941 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000204.1 LN:81310 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000198.1 LN:90085 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000208.1 LN:92689 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000191.1 LN:106433 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000227.1 LN:128374 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000228.1 LN:129120 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000214.1 LN:137718 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000221.1 LN:155397 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000209.1 LN:159169 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000218.1 LN:161147 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000220.1 LN:161802 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000213.1 LN:164239 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000211.1 LN:166566 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000199.1 LN:169874 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000217.1 LN:172149 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000216.1 LN:172294 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000215.1 LN:172545 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000205.1 LN:174588 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000219.1 LN:179198 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000224.1 LN:179693 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000223.1 LN:180455 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000195.1 LN:182896 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000212.1 LN:186858 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000222.1 LN:186861 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000200.1 LN:187035 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000193.1 LN:189789 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000194.1 LN:191469 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000225.1 LN:211173 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@SQ SN:GL000192.1 LN:547496 AS:human_g1k_v37_modified.ndx
@RG ID:LANE1
@RG ID:LANE2
@RG ID:LANE3
@RG ID:LANE4
@PG ID:samtools PN:samtools VN:1.10 CL:samtools sort -o illumina.sorted.bam illumina.bam
@PG ID:samtools.1 PN:samtools PP:samtools VN:1.10 CL:samtools view -H illumina.sorted.bam
What should I do to solve this problem?
