error while using cyvcf2 to parse the vcf file

Question

[rheab1230]

Hello,

I am using cyvcf2 to parse the vcf file I am using this command:

cyvcf2 chr22_id1.vcf

But it's giving me an error:

[E::bcf_hdr_parse_line] Could not parse the header line: "##contig=<ID=22 16062270 chr22_16062270_G_T_b37 G T 100 PASS AA=.;AC=12;AF=0.01;ALLELE=T;AMR_AF=0.02;AN=2184;AVGPOST=0.9884;DAF_GLOBAL=.;ERATE=0.001;EUR_AF=0.01;GERP=.;LDAF=0.0108;RSQ=0.5678;SEVERE_GENE=ENSG00000233866;SEVERE_IMPACT=NC_TRANSCRIPT_VARIANT;SNPSOURCE=LOWCOV;THETA=0.0025;VT=SNP;ANNOTATION_CLASS=ACTIV"...
[E::vcf_parse] Could not add dummy header for contig '22 16062270 chr22_16062270_G_T_b37 G T 100 PASS AA=.;AC=12;AF=0.01;ALLELE=T;AMR_AF=0.02;AN=2184;AVGPOST=0.9884;DAF_GLOBAL=.;ERATE=0.001;EUR_AF=0.01;GERP=.;LDAF=0.0108;RSQ=0.5678;SEVERE_GENE=ENSG00000233866;SEVERE_IMPACT=NC_TRANSCRIPT_VARIANT;SNPSOURCE=LOWCOV;THETA=0.0025;VT=SNP;ANNOTATION_CLASS=ACTIVE_CHROM,NC_TRANSCRIPT_VARIANT;CELL=GM12878,.;CHROM_STATE=13,.;GENE_ID=.,ENSG00000233866;GENE_NAME=.,LA16c-4G1.3;TR_BIOTYPE=.,LINCRNA;TR_ID=.,ENST00000424770;TR_LENGTH=.,586;TR_STRAND=.,1 GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0'
2022-05-23 14:48:26 cyvcf2.cli[30946] WARNING error parsing variant with htslib::bcf_read error-code: 0 and ret: -2
Aborted!

Can anyone help me out with this.

Thank you

[Pierre Lindenbaum]

##contig=<ID=22 16062270 chr22_16062270_G_T_b37 G T 100 PASS AA=.;AC=12

This doesn't look like a vcf file.

What is the output of

$ file chr22_id1.vcf
$ head chr22_id1.vcf
$ grep "#CHROM" -C2 chr22_id1.vcf

[rheab1230]

I have added the output for the above command: for command (1): file chr22_id1.vcf

chr22_id1.vcf: ASCII text, with very long lines

for command2: head chr22_id1.vcf

##fileformat=VCFv4.1
##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
##fileDate=20150218
##reference=ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk//vol1/ftp/technical/reference/phase2_reference_assembly_sequence/hs37d5.fa.gz
##source=1000GenomesPhase3Pipeline
##contig=<ID=1,assembly=b37,length=249250621>
##contig=<ID=2,assembly=b37,length=243199373>
##contig=<ID=3,assembly=b37,length=198022430>
##contig=<ID=4,assembly=b37,length=191154276>
##contig=<ID=5,assembly=b37,length=180915260>

[rheab1230]

for command3: grep "#CHROM" -C2 chr22_id1.vcf

##bcftools_annotateVersion=1.13+htslib-1.13
##bcftools_annotateCommand=annotate -c ID -a 00-All.vcf.gz chr22_SNP.vcf.gz; Date=Tue Oct 12 16:24:47 2021
#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  HG00096 HG00097 HG00099 HG00100 HG00101 HG00102 HG00103 HG00105 HG00106 HG00107 HG00108      HG00109 HG00110 HG00111 HG00112 HG00113 HG00114 HG00115 HG00116 HG00117 HG00118 HG00119 HG00120 HG00121 HG00122 HG00123 HG00125 HG00126 HG00127 HG00128      HG00129 HG00130 HG00131 HG00132 HG00133 HG00136 HG00137 HG00138 HG00139 HG00140 HG00141 HG00142 HG00143 HG00145 HG00146 HG00148 HG00149 HG00150 HG00151      HG00154 HG00155 HG00157 HG00158 HG00159 HG00160 HG00171 HG00173 HG00174 HG00176 HG00177 HG00178 HG00179 HG00180 HG00181 HG00182 HG00183 HG00185 HG00186      HG00187 HG00188 HG00189 HG00190 HG00231 HG00232 HG00233 HG00234 HG00235 HG00236 HG00237 HG00238 HG00239 HG00240 HG00242 HG00243 HG00244 HG00245 HG00246      HG00250 HG00251 HG00252 HG00253 HG00254 HG00255 HG00256 HG00257 HG00258 HG00259 HG00260 HG00261 HG00262 HG00263 HG00264 HG00265 HG00266 HG00267 HG03372 HG03376 HG03378 HG03380 HG03382 HG03385      HG03388 HG03391 HG03394 HG03397 HG03401 HG03410 HG03419 HG03428 HG03432 HG03433 HG03436 HG03437 HG03439 HG03442 HG03445 HG03446 HG03449 HG03451 HG03900 HG03902 HG03905 HG03907 HG03908 HG03910 HG03911 HG03913 HG03914 HG03916 HG03917 HG03919 HG03920 HG03922      HG03925 HG03926 HG03928 HG03931 HG03934 HG03937 HG03940 HG03941 HG03943 HG03944 HG03945 HG03947 HG03949 HG03950 HG03951 HG03953 HG03955 HG03960 HG03963      HG03965 HG03967 HG03968 HG03969 HG03971 HG03973 HG03974 HG03976 HG03977 HG03978 HG03985 HG03986 HG03989 HG03990 HG03991 HG03995 HG03998 HG03999 HG04001      HG04002 HG04003 HG04006 HG04014 HG04015 HG04017 HG04018 HG04019 HG04020 HG04022 HG04023 HG04025 HG04026 HG04029 HG04033 HG04035 HG04038 HG04039 HG04042      HG04047 HG04054 HG04056 HG04059 HG04060 HG04061 HG04062 HG04063 HG04070 HG04075 HG04076 HG04080 HG04090 HG04093 HG04094 HG04096 HG04098 HG04099 HG04100      HG04106 HG04107 HG04118 HG04131 HG04134 HG04140 HG04141 HG04144 HG04146 HG04152 HG04153 HG04155 HG04156 HG04158 HG04159 HG04161 HG04162 HG04164 HG04171      HG04173 HG04176 HG04177 HG04180 HG04182 HG04183 HG04185 HG04186 HG04188 HG04189 HG04194 HG04195 HG04198 HG04200 HG04202 HG04206 HG04209 HG04210 HG04211      HG04212 HG04214 HG04216 HG04219 HG04222 HG04225 HG04227 HG04229 HG04235 HG04238 HG04239 NA06984 NA06985 NA06986 NA06989 NA06994 NA07000 NA07037 NA07048      NA07051 NA07056 NA07347 NA07357 NA10847 NA10851 NA11829 NA11830 NA11831 NA11832 NA11840 NA11843 NA11881 NA11892 NA11893 NA11894 NA11918 NA11919 NA11920      NA11930 NA11931 NA11932 NA11933 NA11992 NA11994 NA11995 NA12003 NA12004 NA12005 NA12006 NA12043 NA12044 NA12045 NA12046 NA12058 NA12144 NA12154 NA12155      NA12156 NA12234 NA12249 NA12272 NA12273 NA12275 NA12282 NA12283 NA12286 NA12287 NA12340 NA12341 NA12342 NA12347 NA12348 NA12383 NA12399 NA12400 NA12413      NA12414 NA12489 NA12546 NA12716 NA12717 NA12718 NA12748 NA12749 NA12750 NA12751 NA12760 NA12761 NA12762 NA12763 NA12775 NA12776 NA12777 NA12778 NA12812      NA12813 NA12814 NA12815 NA12827 NA12828 NA12829 NA12830 NA12842 NA12843 NA12872 NA12873 NA12874 NA12878 NA12889 NA12890 NA18486 NA18488 NA18489 NA18498      NA18499 NA18501 NA18502 NA18504 NA18505 NA18507 NA18508 NA18510 NA18511 NA18516 NA18517 NA18519 NA18520 NA18522 NA18523 NA18525 NA18526 NA18528 NA18530      NA18531 NA18532 NA18533 NA18534 NA18535 NA18536 NA18537 NA18538 NA18539 NA18541 NA18542 NA18543 NA18544 NA18545 NA18546 NA18547 NA18548 NA18549 NA18550      NA18552 NA18553 NA18555 NA18557 NA18558 NA18559 NA18560 NA18561 NA18562 NA18563 NA18564 NA18565 NA18566 NA18567 NA18570 NA18571 NA18572 NA18573 NA18574      NA18577 NA18579 NA18582 NA18591 NA18592 NA18593 NA18595 NA18596 NA18597 NA18599 NA18602 NA18603 NA18605 NA18606 NA18608 NA18609 NA18610 NA18611 NA18612      NA18613 NA18614 NA18615 NA18616 NA18617 NA18618 NA18619 NA18620 NA18621 NA18622 NA18623 NA18624 NA18625 NA18626 NA18627 NA18628 NA18629 NA18630 NA18631      NA18632 NA18633 NA18634 NA18635 NA18636 NA18637 NA18638 NA18639 NA18640 NA18641 NA18642 NA18643 NA18644 NA18645 NA18646 NA18647 NA18648 NA18740 NA18745      NA18747 NA18748 NA18749 NA18757 NA18853 NA18856 NA18858 NA18861 NA18864 NA18865 NA18867 NA18868 NA18870 NA18871 NA18873 NA18874 NA18876 NA18877 NA18878      NA18879 NA18881 NA18907 NA18908 NA18909 NA18910 NA18912 NA18915 NA18916 NA18917 NA18923 NA18924 NA18933 NA18934 NA18939 NA18940 NA18941 NA18942 NA18943      NA18944 NA18945 NA18946 NA18947 NA18948 NA18949 NA18950 NA18951 NA18952 NA18953 NA18954 NA18956 NA18957 NA18959 NA18960 NA18961 NA18962 NA18963 NA18964      NA18965 NA18966 NA18967 NA18968 NA18969 NA18970 NA18971 NA18972 NA18973 NA18974 NA18975 NA18976 NA18977 NA18978 NA18979 NA18980 NA18981 NA18982 NA18983      NA18984 NA18985 NA18986 NA18987 NA18988 NA18989 NA18990 NA18991 NA18992 NA18993 NA18994 NA18995 NA18997 NA18998 NA18999 NA19000 NA19001 NA19002 NA19003      NA19004 NA19005 NA19006 NA19007 NA19009 NA19010 NA19011 NA19012 NA19017 NA19019 NA19020 NA19023 NA19024 NA19025 NA19026 NA19027 NA19028 NA19030 NA19031      NA19035 NA19036 NA19037 NA19038 NA19041 NA19042 NA19043 NA19054 NA19055 NA19056 NA19057 NA19058 NA19059 NA19060 NA19062 NA19063 NA19064 NA19065 NA19066      NA19067 NA19068 NA19070 NA19072 NA19074 NA19075 NA19076 NA19077 NA19078 NA19079 NA19080 NA19081 NA19082 NA19083 NA19084 NA19085 NA19086 NA19087 NA19088      NA19089 NA19090 NA19091 NA19092 NA19093 NA19095 NA19096 NA19098 NA19099 NA19102 NA19107 NA19108 NA19113 NA19114 NA19116 NA19117 NA19118 NA19119 NA19121      NA19129 NA19130 NA19131 NA19137 NA19138 NA19141 NA19143 NA19144 NA19146 NA19147 NA19149 NA19152 NA19153 NA19159 NA19160 NA19171 NA19172 NA19175 NA19184      NA19185 NA19189 NA19190 NA19197 NA19198 NA19200 NA19201 NA19204 NA19206 NA19207 NA19209 NA19210 NA19213 NA19214 NA19222 NA19223 NA19225 NA19235 NA19236      NA19238 NA19239 NA19247 NA19248 NA19256 NA19257 NA19307 NA19308 NA19309 NA19310 NA19312 NA19314 NA19315 NA19316 NA19317 NA19318 NA19319 NA19320 NA19321      NA19323 NA19324 NA19327 NA19328 NA19331 NA19332 NA19334 NA19338 NA19346 NA19347 NA19350 NA19351 NA19355 NA19360 NA19372 NA19374 NA19375 NA19376 NA19377      NA19378 NA19379 NA19380 NA19383 NA19384 NA19385 NA19390 NA19391 NA19393 NA19394 NA19395 NA19397 NA19399 NA19401 NA19403 NA19404 NA19428 NA19429 NA19430      NA19431 NA19434 NA19435 NA19436 NA19437 NA19438 NA19439 NA19440 NA19443 NA19445 NA19446 NA19448 NA19449 NA19451 NA19452 NA19454 NA19455 NA19456 NA19457      NA19461 NA19462 NA19463 NA19466 NA19467 NA19468 NA19471 NA19472 NA19473 NA19474 NA19475 NA19625 NA19648 NA19649 NA19651 NA19652 NA19654 NA19655 NA19657      NA19658 NA19661 NA19663 NA19664 NA19669 NA19670 NA19676 NA19678 NA19679 NA19681 NA19682 NA19684 NA19700 NA19701 NA19703 NA19704 NA19707 NA19711 NA19712      NA19713 NA19716 NA19717 NA19719 NA19720 NA19722 NA19723 NA19725 NA19726 NA19728 NA19729 NA19731 NA19732 NA19734 NA19735 NA19740 NA19741 NA19746 NA19747      NA19749 NA19750 NA19752 NA19755 NA19756 NA19758 NA19759 NA19761 NA19762 NA19764 NA19770 NA19771 NA19773 NA19774 NA19776 NA19777 NA19779 NA19780 NA19782      NA19783 NA19785 NA19786 NA19788 NA19789 NA19792 NA19794 NA19795 NA19818 NA19819 NA19834 NA19835 NA19900 NA19901 NA19904 NA19908 NA19909 NA19913 NA19914      NA19916 NA19917 NA19920 NA19921 NA19922 NA19923 NA19982 NA19984 NA20126 NA20127 NA20274 NA20276 NA20278 NA20281 NA20282 NA20287 NA20289 NA20291 NA20294      NA20296 NA20298 NA20299 NA20314 NA20317 NA20318 NA20320 NA20321 NA20332 NA20334 NA20339 NA20340 NA20342 NA20346 NA20348 NA20351 NA20355 NA20356 NA20357      NA20359 NA20362 NA20412 NA20502 NA20503 NA20504 NA20505 NA20506 NA20507 NA20508 NA20509 NA20510 NA20511 NA20512 NA20513  NA21089 NA21090 NA21091 NA21092 NA21093      
22 16050408 chr22_16050408_T_C_b37 T C 100 PASS AA=.;AC=134;AF=0.06;AFR_AF=0.1;AMR_AF=0.05;AN=2184;ASN_AF=0.04;AVGPOST=0.9799;DAF_GLOBAL=.;ERATE=0.0046;EUR_AF=0.06;GERP=.;LDAF=0.0649;RSQ=0.8652;SNPSOURCE=LOWCOV;THETA=0.0149;VT=SNP;ANNOTATION_CLASS=ACTIVE_CHROM;CELL=GM12878;CHROM_STATE=13 GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0|0 0|1 0|1 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|1 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|1 0|0 0|1 0|1 

[rheab1230]

The only difference is the ID column; I had to edit the ID column with this format chr22_16062270_G_T_b37 to do further analysis.

[Pierre Lindenbaum]

thanks it does look like a vcf.

[Pierre Lindenbaum]

if the command

bcftools view chr22_id1.vcf > /dev/null && echo "OK"

prints OK and shows no error, then it's a problem with cyvcf2

otherwise , your vcf is broken somewhere.

[rheab1230]

I checked with the above command and it seems like my vcf file is broken:

bcftools view chr22_id1.vcf > /dev/null && echo "OK"

[W::vcf_parse] Contig '22 16050408 chr22_16050408_T_C_b37 T C 100 PASS AA=.;AC=134;AF=0.06;AFR_AF=0.1;AMR_AF=0.05;AN=2184;ASN_AF=0.04;AVGPOST=0.9799;DAF_GLOBAL=.;ERATE=0.0046;EUR_AF=0.06;GERP=.;LDAF=0.0649;RSQ=0.8652;SNPSOURCE=LOWCOV;THETA=0.0149;VT=SNP;ANNOTATION_CLASS=ACTIVE_CHROM;CELL=GM12878;CHROM_STATE=13 GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0|0 0|1 0|1 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|1 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|1 0|0 0|1 0|1 0|1 0|1 0|1 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|1 0|1 0|1 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0' is not defined in the header. (Quick workaround: index the file with tabix.)
[W::bcf_hrec_check] Invalid contig name: "22 16050408 chr22_16050408_T_C_b37 T C 100 PASS AA=.;AC=134;AF=0.06;AFR_AF=0.1;AMR_AF=0.05;AN=2184;ASN_AF=0.04;AVGPOST=0.9799;DAF_GLOBAL=.;ERATE=0.0046;EUR_AF=0.06;GERP=.;LDAF=0.0649;RSQ=0.8652;SNPSOURCE=LOWCOV;THETA=0.0149;VT=SNP;ANNOTATION_CLASS=ACTIVE_CHROM;CELL=GM12878;CHROM_STATE=13 GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0|0 0|1 0|1 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|1 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|1 0|0 0|1 0|1 0|1 0|1 0|1 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|1 0|1 0|1 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0"
[W::vcf_parse] Contig '22 16050612 chr22_16050612_C_G_b37 C G 100 PASS AA=.;AC=184;AF=0.08;AFR_AF=0.08;AMR_AF=0.14;AN=2184;ASN_AF=0.08;AVGPOST=0.964;DAF_GLOBAL=.;ERATE=0.0031;EUR_AF=0.07;GERP=.;LDAF=0.0902;RSQ=0.8228;SNPSOURCE=LOWCOV;THETA=0.0127;VT=SNP;ANNOTATION_CLASS=ACTIVE_CHROM;CELL=GM12878;CHROM_STATE=13 GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0|1 0|1 0|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|1 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0  0|0 0|0 0|0' is not defined in the header. (Quick workaround: index the file with tabix.)
[W::bcf_hrec_check] Invalid contig name: "22 16050612 chr22_16050612_C_G_b37 C G 100 PASS AA=.;AC=184;AF=0.08;AFR_AF=0.08;AMR_AF=0.14;AN=2184;ASN_AF=0.08;AVGPOST=0.964;DAF_GLOBAL=.;ERATE=0.0031;EUR_AF=0.07;GERP=.;LDAF=0.0902;RSQ=0.8228;SNPSOURCE=LOWCOV;THETA=0.0127;VT=SNP;ANNOTATION_CLASS=ACTIVE_CHROM;CELL=GM12878;CHROM_STATE=13 GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0|1 0|1 0|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|1 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0  0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0"
[E::bcf_write] Broken VCF record, the number of columns at 22 16050408 chr22_16050408_T_C_b37 T C 100 PASS AA=.;AC=134;AF=0.06;AFR_AF=0.1;AMR_AF=0.05;AN=2184;ASN_AF=0.04;AVGPOST=0.9799;DAF_GLOBAL=.;ERATE=0.0046;EUR_AF=0.06;GERP=.;LDAF=0.0649;RSQ=0.8652;SNPSOURCE=LOWCOV;THETA=0.0149;VT=SNP;ANNOTATION_CLASS=ACTIVE_CHROM;CELL=GM12878;CHROM_STATE=13 GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0|0 0|1 0|1 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|1 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|1 0|0 0|1 0|1 0|1 0|1 0|1 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|1 0|1 0|1 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1 does not match the number of samples (0 vs 2504)
[main_vcfview] Error: cannot write to (null)