Entering edit mode
3.0 years ago
priya.bmg
▴
60
Hello
I will be starting to work on long-sequence reads from pacbio in few months https://github.com/PacificBiosciences/pb-human-wgs-workflow-snakemake. So, I have started working on the pacbio pipeline from Github. I need some advice in discovering the structural variants using pbsv. I couldn't find any information about the variants in the vcf file. Is any of the steps followed is not correct?. If there is any workflow to understand the steps in processing the sample
I downloaded fasta files from https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?run=SRR10382244 and https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?run=SRR10382245. Then converted the fasta files to bam files. Using pbmm2, aligned the bam with reference genome:
pbmm2 align gch38.fa SRR10382244.1.bam ref.moviecheck1.bam --sort --preset CCS --sample sample1 pbmm2 align gch38.fa SRR10382245.1.bam ref.moviecheck2.bam --sort --preset CCS --sample sample2
Then discovered the structural variation:
pbsv discover ref.moviecheck1.bam ref.sample1.svsig.gz
pbsv discover ref.moviecheck2.bam ref.sample2.svsig.gz
Then call the structural variants and assign the genotypes:
pbsv call gch38.fa ref.sample1.svsig.gz ref.sample2.svsig.gz ref.var.vcf
The ref.var file only has headers with no information about the variant
##contig=<ID=NW_012132916.1,length=373699>
##contig=<ID=NW_012132917.1,length=165718>
##contig=<ID=NW_012132918.1,length=320750>
##contig=<ID=NW_012132919.1,length=179932>
##contig=<ID=NW_012132920.1,length=2365364>
##contig=<ID=NW_012132921.1,length=169136>
##contig=<ID=NW_013171799.1,length=90922>
##contig=<ID=NW_013171800.1,length=163749>
##contig=<ID=NW_013171801.1,length=236512>
##contig=<ID=NW_013171802.1,length=245716>
##contig=<ID=NW_013171803.1,length=82315>
##contig=<ID=NW_013171804.1,length=163882>
##contig=<ID=NW_013171805.1,length=134099>
##contig=<ID=NW_013171806.1,length=185507>
##contig=<ID=NW_013171807.1,length=264545>
##contig=<ID=NW_013171808.1,length=181958>
##contig=<ID=NW_013171809.1,length=109323>
##contig=<ID=NW_013171810.1,length=168146>
##contig=<ID=NW_013171811.1,length=123480>
##contig=<ID=NW_013171812.1,length=59016>
##contig=<ID=NW_013171813.1,length=267463>
##contig=<ID=NW_013171814.1,length=407387>
##contig=<ID=NW_014040925.1,length=141019>
##contig=<ID=NW_014040926.1,length=349938>
##contig=<ID=NW_014040927.1,length=212205>
##contig=<ID=NW_014040928.1,length=205101>
##contig=<ID=NW_014040929.1,length=405389>
##contig=<ID=NW_014040930.1,length=155930>
##contig=<ID=NW_014040931.1,length=174749>
##contig=<ID=NW_015148966.1,length=196940>
##contig=<ID=NW_015148967.1,length=315610>
##contig=<ID=NW_015148968.1,length=145162>
##contig=<ID=NW_015148969.1,length=101037>
##contig=<ID=NW_015495298.1,length=278659>
##contig=<ID=NW_015495299.1,length=535088>
##contig=<ID=NW_015495300.1,length=230434>
##contig=<ID=NW_015495301.1,length=205407>
##contig=<ID=NW_016107297.1,length=362221>
##contig=<ID=NW_016107298.1,length=673059>
##contig=<ID=NW_016107299.1,length=154723>
##contig=<ID=NW_016107300.1,length=163926>
##contig=<ID=NW_016107301.1,length=170206>
##contig=<ID=NW_016107302.1,length=168131>
##contig=<ID=NW_016107303.1,length=293522>
##contig=<ID=NW_016107304.1,length=241058>
##contig=<ID=NW_016107305.1,length=159285>
##contig=<ID=NW_016107306.1,length=178197>
##contig=<ID=NW_016107307.1,length=166713>
##contig=<ID=NW_016107308.1,length=99845>
##contig=<ID=NW_016107309.1,length=161095>
##contig=<ID=NW_016107310.1,length=223118>
##contig=<ID=NW_016107311.1,length=100553>
##contig=<ID=NW_016107312.1,length=156965>
##contig=<ID=NW_016107313.1,length=171263>
##contig=<ID=NW_016107314.1,length=145691>
##contig=<ID=NW_017363813.1,length=411654>
##contig=<ID=NW_017363814.1,length=420675>
##contig=<ID=NW_017363815.1,length=139427>
##contig=<ID=NW_017363816.1,length=140877>
##contig=<ID=NW_017363817.1,length=281919>
##contig=<ID=NW_017363818.1,length=246895>
##contig=<ID=NW_017363819.1,length=276292>
##contig=<ID=NW_017363820.1,length=188004>
##contig=<ID=NW_017852928.1,length=551020>
##contig=<ID=NW_017852929.1,length=142129>
##contig=<ID=NW_017852930.1,length=468267>
##contig=<ID=NW_017852931.1,length=156998>
##contig=<ID=NW_017852932.1,length=265876>
##contig=<ID=NW_017852933.1,length=1927115>
##contig=<ID=NW_018654706.1,length=166136>
##contig=<ID=NW_018654707.1,length=140355>
##contig=<ID=NW_018654708.1,length=330031>
##contig=<ID=NW_018654709.1,length=181658>
##contig=<ID=NW_018654710.1,length=140361>
##contig=<ID=NW_018654711.1,length=175849>
##contig=<ID=NW_018654712.1,length=135987>
##contig=<ID=NW_018654713.1,length=242796>
##contig=<ID=NW_018654714.1,length=589656>
##contig=<ID=NW_018654715.1,length=680662>
##contig=<ID=NW_018654716.1,length=165120>
##contig=<ID=NW_018654717.1,length=6367528>
##contig=<ID=NW_018654718.1,length=1046838>
##contig=<ID=NW_018654719.1,length=64689>
##contig=<ID=NW_018654720.1,length=174808>
##contig=<ID=NW_018654721.1,length=171798>
##contig=<ID=NW_018654722.1,length=690932>
##contig=<ID=NW_018654723.1,length=78609>
##contig=<ID=NW_018654724.1,length=93070>
##contig=<ID=NW_018654725.1,length=48370>
##contig=<ID=NW_018654726.1,length=209722>
##contig=<ID=NW_019805487.1,length=44955>
##contig=<ID=NW_019805488.1,length=164041>
##contig=<ID=NW_019805489.1,length=197752>
##contig=<ID=NW_019805490.1,length=302885>
##contig=<ID=NW_019805491.1,length=105527>
##contig=<ID=NW_019805492.1,length=195063>
##contig=<ID=NW_019805493.1,length=172555>
##contig=<ID=NW_019805494.1,length=103072>
##contig=<ID=NW_019805495.1,length=305244>
##contig=<ID=NW_019805496.1,length=279644>
##contig=<ID=NW_019805497.1,length=301637>
##contig=<ID=NW_019805498.1,length=181167>
##contig=<ID=NW_019805499.1,length=154139>
##contig=<ID=NW_019805500.1,length=480415>
##contig=<ID=NW_019805501.1,length=116753>
##contig=<ID=NW_019805502.1,length=230843>
##contig=<ID=NW_019805503.1,length=163186>
##contig=<ID=NW_021159987.1,length=145975>
##contig=<ID=NW_021159988.1,length=84043>
##contig=<ID=NW_021159989.1,length=215443>
##contig=<ID=NW_021159990.1,length=235734>
##contig=<ID=NW_021159991.1,length=341066>
##contig=<ID=NW_021159992.1,length=53476>
##contig=<ID=NW_021159993.1,length=176674>
##contig=<ID=NW_021159994.1,length=125549>
##contig=<ID=NW_021159995.1,length=276109>
##contig=<ID=NW_021159996.1,length=89956>
##contig=<ID=NW_021159997.1,length=73265>
##contig=<ID=NW_021159998.1,length=254759>
##contig=<ID=NW_021159999.1,length=25408>
##contig=<ID=NW_021160000.1,length=454963>
##contig=<ID=NW_021160001.1,length=292944>
##contig=<ID=NW_021160002.1,length=45257>
##contig=<ID=NW_021160003.1,length=165419>
##contig=<ID=NW_021160004.1,length=270122>
##contig=<ID=NW_021160005.1,length=217075>
##contig=<ID=NW_021160006.1,length=170928>
##contig=<ID=NW_021160007.1,length=297568>
##contig=<ID=NW_021160008.1,length=192531>
##contig=<ID=NW_021160009.1,length=7309>
##contig=<ID=NW_021160010.1,length=158944>
##contig=<ID=NW_021160011.1,length=65394>
##contig=<ID=NW_021160012.1,length=409912>
##contig=<ID=NW_021160013.1,length=399183>
##contig=<ID=NW_021160014.1,length=264228>
##contig=<ID=NW_021160015.1,length=97763>
##contig=<ID=NW_021160016.1,length=369264>
##contig=<ID=NW_021160017.1,length=5500449>
##contig=<ID=NW_021160018.1,length=396515>
##contig=<ID=NW_021160019.1,length=270967>
##contig=<ID=NW_021160020.1,length=137908>
##contig=<ID=NW_021160021.1,length=56695>
##contig=<ID=NW_021160022.1,length=493165>
##contig=<ID=NW_021160023.1,length=519485>
##contig=<ID=NW_021160024.1,length=461303>
##contig=<ID=NW_021160025.1,length=12295>
##contig=<ID=NW_021160026.1,length=412368>
##contig=<ID=NW_021160027.1,length=403128>
##contig=<ID=NW_021160028.1,length=28824>
##contig=<ID=NW_021160029.1,length=68192>
##contig=<ID=NW_021160030.1,length=14678>
##contig=<ID=NW_021160031.1,length=17435>
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT
Thanks
