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4 months ago
Bertrand
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In this script, I specify species that meet a given criterion. However, the display of the tree is not properly drawn: the branches are too far from the leaves.
The script :
from ete3 import Tree, TreeStyle, NodeStyle, faces, AttrFace
# Charger l'arbre à partir de la chaîne Newick
t = Tree( "(((((((((((((((((((((((((Species 81:0.0022,Species 97:0.0022):0.000225,Species 95:0.002425):0.00014167,Species 86:0.00256667):8.333e-05,(Species 139:0.0026,(Species 35:0.0007,Species 157:0.0007):0.0019):5e-05):0.00012857,Species 116:0.00277857):0.00013237,((Species 9:0.00065,Species 10:0.00065):0.0020125,(Species 13:0.00255,Species 118:0.00255):0.0001125):0.00024844):0.0153078,(Species 94:0.00035,Species 130:0.00035):0.0178687):0.00440149,(Species 125:0.00405,(Species 146:5e-05,Species 147:5e-05):0.004):0.0185702):0.00269863,((((Species 183:0.00575,Species 182:0.00575):0.00115,Species 84:0.0069):0.00575,Species 85:0.01265):0.00857188,(((Species 2:0,Species 3:0):0.003675,Species 110:0.003675):0.011715,(Species 4:0.0098,(Species 5:0.00493333,(Species 6:0.00405,(Species 7:0.00395,Species 8:0.00395):0.0001):0.00088333):0.00486667):0.00559):0.00583188):0.004097):0.0025932,Species 14:0.0279121):0.00207126,(Species 103:0.004025,(Species 34:0.00385,Species 96:0.00385):0.000175):0.0259583):0.00171107,(((Species 165:5e-05,Species 176:5e-05):0,Species 160:5e-05):0.01582,(Species 111:0.00998333,(Species 150:0.00939375,(((Species 153:0.00395,Species 172:0.00395):0.00095,Species 162:0.0049):0.00062,(Species 164:0.0016,(Species 159:8.333e-05,(Species 156:5e-05,(Species 170:5e-05,Species 175:5e-05):0):3.333e-05):0.00151667):0.00392):0.00387375):0.00058958):0.00588667):0.0158244):0.00229907,Species 117:0.0339935):0.00720363,(Species 99:0.0239167,((Species 115:0.0046,Species 174:0.0046):0.00136875,(Species 42:0.00528333,(Species 137:0.00525,(Species 43:0.00425,Species 44:0.00425):0.001):3.333e-05):0.00068542):0.0179479):0.0172804):0.00048644,(((((Species 37:0,Species 38:0):0.00625,Species 36:0.00625):0.00038333,Species 39:0.00663333):0.0287208,(Species 113:0.026075,(Species 49:0.0178,Species 122:0.0178):0.008275):0.00927917):0.00412163,(((Species 134:0.00305,Species 141:0.00305):0.0023,Species 138:0.00535):0.02955,((Species 50:0.0019,Species 178:0.0019):0.0198019,(((((Species 93:0.0002,Species 112:0.0002):0.0042,Species 100:0.0044):0.00663333,Species 107:0.0110333):0.00749167,(Species 155:0.00285,Species 173:0.00285):0.015675):0.00143333,(((Species 158:5e-05,Species 163:5e-05):0.005,Species 161:0.00505):0.0114292,((Species 152:5e-05,Species 171:5e-05):0.0103,(Species 167:5e-05,Species 168:5e-05):0.0103):0.00612917):0.00347917):0.00174359):0.0131981):0.00457579):0.00220776):0.0102104,(((Species 101:0.0035,Species 128:0.0035):0.0340125,(Species 114:0.00475,Species 151:0.00475):0.0327625):0.0122575,(Species 131:0.0351375,(Species 12:0.02435,(Species 143:0.015425,(Species 11:0.0141,Species 41:0.0141):0.001325):0.008925):0.0107875):0.0146325):0.00212395):0.00472082,(Species 82:0.00275,Species 92:0.00275):0.0538648):0.00229114,((((Species 136:0.0001,Species 140:0.0001):2.5e-05,Species 135:0.000125):0.021975,Species 123:0.0221):0.00967308,(((Species 166:0.0086,Species 169:0.0086):0.0009,Species 47:0.0095):0.0179233,((Species 102:0.0055,Species 145:0.0055):0.00189687,(Species 127:0.00544286,((Species 104:0.0049,Species 133:0.0049):0.000245,(Species 182:0.0046,(Species 90:0.00451667,(Species 105:0.004175,(Species 48:0.004,Species 129:0.004):0.000175):0.00034167):8.333e-05):0.000545):0.00029786):0.00195402):0.0200265):0.00434974):0.0271328):0.00154175,Species 120:0.0604477):0.00024069,(Species 132:0.04439,(Species 91:0.011475,(Species 149:0.00473333,(Species 15:0.004075,(Species 88:0.00325,Species 148:0.00325):0.000825):0.00065833):0.00674167):0.032915):0.0162983):0.00122251,(((Species 46:0.02015,Species 106:0.02015):0.03575,Species 142:0.0559):0.00224167,((((Species 25:0.0002,Species 26:0.0002):0.00335,Species 87:0.00355):0.00055,Species 89:0.0041):0.0460354,(Species 16:0.03121,(Species 121:0.0234,(Species 45:0.00718333,(Species 83:0.00665,(Species 108:0.0002,Species 109:0.0002):0.00645):0.00053333):0.0162167):0.00781):0.0189254):0.00800625):0.0037692):0.00189658,(Species 75:0.0399229,(((((((((Species 52:0.0025,Species 53:0.0025):0.000175,Species 21:0.002675):0.0001,(Species 20:0.0026,Species 51:0.0026):0.000175):0.000205,Species 54:0.00298):0.00035333,(Species 22:0.00185,Species 57:0.00185):0.00148333):0.00024479,(Species 55:0.0034,Species 56:0.0034):0.00017812):0.00033188,Species 58:0.00391):0.0276408,((Species 32:0.00025,Species 74:0.00025):0.0264375,(Species 23:0.0063,(Species 72:0.0046,(Species 24:0.00035,Species 73:0.00035):0.00425):0.0017):0.0203875):0.00486326):0.00505349,(Species 124:0.0319853,(((((Species 70:0,Species 71:0):0,Species 69:0):0.0001,Species 68:0.0001):0.00176875,(Species 66:5e-05,Species 67:5e-05):0.00181875):0.025657,((((Species 61:0.0001,Species 64:0.0001):0.0004,Species 60:0.0005):0.00103333,Species 62:0.00153333):0.00208631,((Species 28:0.00065,Species 59:0.00065):0.00275,((Species 29:0.00305,Species 63:0.00305):0.000175,(Species 31:0.002975,(Species 30:0.00245,Species 65:0.00245):0.000525):0.00025):0.000175):0.00021964):0.0239061):0.00445954):0.00461895):0.00331861):0.0238846):0.00116152,(((Species 76:0.0034,Species 77:0.0034):0.019575,Species 119:0.022975):0.0350787,((Species 80:0.0001,Species 180:0.0001):0.00253214,((Species 78:0.00165,Species 177:0.00165):0.000635,((Species 79:0.00185,Species 126:0.00185):0.00025833,(Species 179:0.0019,(Species 154:0.0018,Species 181:0.0018):0.0001):0.00020833):0.00017667):0.00034714):0.0554216):0.00691526):0.017238,(((Species 17:0.0251,Species 27:0.0251):0.013975,Species 18:0.039075):0.0356583,(Species 144:0.063325,(Species 19:0.0571,Species 40):0.006225):0.0114083):0.00747367):0.0171935,Species 33:0.0994006);" )
# Définir un style de nœud personnalisé pour colorier les feuilles
nst = NodeStyle()
nst["fgcolor"] = "#00aaff" # Couleur bleue pour les nœuds avec sidérophore
nst["size"] = 10 # Taille des nœuds
# Parcourir les feuilles et appliquer le style si l'espèce contient un sidérophore
for leaf in t.iter_leaves():
if leaf.name in [
"Species 81",
"Species 97",
"Species 95",
"Species 86",
"Species 139",
"Species 35",
"Species 157",
"Species 116"
]:
leaf.set_style(nst)
# Définir le style de l'arbre
ts = TreeStyle()
ts.show_leaf_name = True
ts.mode = "c" # Mode circulaire
ts.scale = 20 # Échelle de l'arbre
ts.branch_vertical_margin = 10 # Ajuster l'espace vertical entre les branches
# Afficher l'arbre
t.show(tree_style=ts)
