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Question

[Muhammad]

I use this command: "bedtools intersect -a MSEA_catalog.bed -b gen.protein_codeing.bed -wa -wb > prote.bed" and got input like this :

chr1    65607   65620   GAAT    -;3.5;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;3.5;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;3.5;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-       -;14;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;14;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;14;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-  -;GAAT;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;GAAT;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;GAAT;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-    0.0     3       3       GAAT(3) chr1    65419   71585   gene            protein_coding  ENSG00000186092.7       NON     OR4F5
chr1    65607   65620   GAAT    -;3.5;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;3.5;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;3.5;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-       -;14;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;14;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;14;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-  -;GAAT;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;GAAT;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;GAAT;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-    0.0     3       3       GAAT(3) chr1    65419   71585   transcript      protein_coding  ENSG00000186092.7       ENST00000641515.2       OR4F5

now this one entry is matching with both so, what can be the solution of this? thank you

[lieven.sterck]

What is your exact question? perhaps add a bit more context to help others to answer your question(s)

[Dunois]

Look at the 5th column from the end. Each row is an annotation. One row corresponds to the annotation for what appears to be a gene and the other row is the annotation for the transcript (that is presumably transcribed from this gene). You don't really have to do anything here unless you want to exclude one or the other type of annotation here (gene/transcript) from downstream analyses.